実際、入所児数の減少による経営上の問題から重症心身障害児・者の入所施設や障害児の通園施設への転換を余儀なくされた施設も少なからずみられ、昭和５２年度には７６施設ともっとも多かったのですが、その後徐々に入院児数の減少とともに施設数も減少を続け、平成１８年度には６２施設となっています。６２施設のうち２７施設が公立・公営、１２施設が公立・民営、２３施設が民立・民営であり、民営の施設が５６％を占めており、現在そのほとんどが経営面から存亡の危機に立たされていると言っても過言ではありません。

前述のように、全国の施設数は７６施設から６２施設と１４施設の減少がみられていますが、そのうち１１施設が「重症心身障害児入所施設」、２施設が病棟を閉鎖した「通園施設」へと施設種別を変更した運営方法の方向転換でした。しかし５年前、静岡県の民立・民営施設である浜松リハビリテーションセンターが入所児の減少などによる経営難から廃止となりました。これは、昭和１７年に本邦初の肢体不自由児施設である整肢療護園（現在の心身障害児総合医療療育センター）が東京都板橋に開園して以来、約６５年間にも及ぶ肢体不自由児施設の長い歴史上、初めての出来事であり、関係者に大きな衝撃を与えました。またこの数年、整形外科・リハビリテーション科関連の診療報酬が大幅に減額されたことから、整形外科、リハビリテーション科が大きな役割を担い、収入の大部分を占めている肢体不自由児施設の経営面にさらに深刻な陰をおとしています。 　ところで、このような入所児数の減少は、ノーマライゼーション理念の浸透による普通学級はもちろん障害児学級の新設も含めた地域の学校での受け入れの改善や肢体不自由児養護学校（平成１９年度から特別支援学校）の増設などが大きく影響していると考えられ、障害児をとりまく社会状況は徐々に改善傾向にあると思われます。一方で、肢体不自由児施設にとっては運営・経営上、非常に難しい問題が生じてきています。