分掌事務

企画調整課

• 所内職員の給与、身分取り扱いの取り次ぎに関すること。
• 所の予算、庶務経理及び決算に関すること。
• 保健衛生及び環境保全に係る調査研究の企画及び調整に関すること。
• 所の庁舎管理に関すること。
• 所の広報公聴に関すること
• その他所内他課の所管に属しないこと。

疫学研究課

• 感染症情報センターの運用・管理に関すること。
  
• 感染症情報、その他公衆衛生情報の収集、解析及び提供に関すること。
• 保健事象の疫学研究に関すること。

微生物研究課

• 細菌等の試験研究及び検査に関すること。
• ウイルス、リケッチァ等の試験研究及び検査に関すること。
• 原虫等の試験研究及び検査に関すること。
• 感染症に係る分子生物学的な試験研究に関すること。
• 先天性代謝異常検査に関すること。
• 医薬品、化粧品及び家庭用品等の安全性・有効性試験研究及び検査に関すること。(微生物学的なもの)

衛生研究課

• 食品、食品添加物、食品汚染物及び生体試料等の理化学的試験研究及び検査に関すること。
• 特定原材料（食物アレルギー）の試験研究及び検査に関すること。
• 遺伝子組み換え食品の試験研究及び検査に関すること。
• 飲料水、温泉水等の試験研究及び検査に関すること。
• 放射能の試験研究及び検査に関すること。
• 医薬品、化粧品及び家庭用品等の安全性・有効性試験研究及び検査に関すること。（理化学的なもの）
• 毒物・劇物及び麻薬等の理化学的試験研究及び検査に関すること。

資源循環研究課

• 廃棄物資源の試験研究及び検査に関すること。
• 水環境の保全に係る試験研究及び検査に関すること。
• 土壌汚染に係る試験研究及び検査に関すること。

環境研究課

• 大気環境の保全に係る試験研究に関すること。
• 大気汚染物質の試験研究及び検査に関すること。
• 化学物質に係る試験研究に関すること。
• 悪臭物質の試験研究に関すること。